Neandertal diş pisliğinden yeniden oluşturulmuş antik bakteri genomu

Eski insanların ve Neandertallerin dişlerinde korunan mikrobiyal DNA, eski bakteriler tarafından üretilen molekülleri yeniden yapılandırmak için kullanılmıştır. Yaklaşım, binlerce yıl önce soyu tükenmiş olabilecek mikroplarda yeni antibiyotikler veya diğer yararlı moleküller keşfetmemize yardımcı olabilir.

Bilinmeyen mikropları aramak normalde araştırmacıları tropik adalara veya hidrotermal menfezlere gönderebilir. Pierre Stallforth Almanya’daki Friedrich Schiller Üniversitesi’nde Jena ve meslektaşları zamanda geriye doğru ava çıktılar. 34 eski insan ve biri 102.000 yaşında olan 12 Neandertalden alınan kireçlenmiş diş plağında korunan mikrobiyal DNA’ya baktılar.

Kadim DNA, milyonlarca kısa, genellikle bozulmuş diziler halinde parçalanmış olarak geldi. Stallforth, bunları yeterince eksiksiz genomlara birleştirmenin “çok boyutlu bir yapboz” olduğunu söylüyor.

Araştırmacılar, örneklerin dokuzundan, cinsten iki bilinmeyen yeşil kükürt bakteri türünün yüksek kaliteli genomlarını bir araya getirmeyi başardılar. Klorobyum. Araştırmacılara göre, canlı örnekler daha önce sıralanmadığı veya artık soyu tükenmiş olduğu için türler bilinmiyor olabilir.

Klorobyum türler genellikle oral mikrobiyomun bir parçası değildir, bu nedenle Stallforth, bakterilerin kontamine içme suyu yoluyla numunelerin ağızlarına geldiğinden şüphelendiklerini söylüyor.

Birçok mikrobiyal genom, eski DNA’dan en azından kısmen yeniden oluşturuldu, ancak araştırmacılar bunlarla bir adım daha ileri gitti. Üç genden oluşan bir küme yerleştirdiler. Klorobyum Kadim bakterilerin yapmış olabileceği molekülleri sentezlemek için canlı bakterilere genom.

Araştırmacılar ortaya çıkan moleküllere “paleofuranlar” adını verdiler. Paleofuranları yapmak için kullanılan genlerin modern dünyadaki genlerle karşılaştırılması Klorobyum Stallforth, moleküllerin bakterilerde fotosentezi düzenlemeye dahil olabileceğini öne sürüyor, diyor. “Basit bir doğal ürün bulduk.”

Paleofuranların kendileri yararlı uygulamalara sahip olma olasılığı yüksek olmasa da, Hendrik Poinar Kanada’daki McMaster Üniversitesi’ndeki araştırmacılar, eski mikrobiyal çeşitliliğin antibiyotik olarak veya başka amaçlar için yararlı olabilecek yeni molekülleri keşfetmek için kullanılabileceğine dair kavram kanıtı sağladıklarını söylüyor.

“Pek çok mikrobiyal çeşitlilik muhtemelen yok oldu veya en azından antimikrobiyal direncin baskısı nedeniyle arka plana itildi” diyor. “Yani daha derin zamanda var olanı bugün görmüyoruz.”

Ancak Claudiu Supuran İtalya’daki Floransa Üniversitesi’nden bir bilim insanı, devrim niteliğinde yeni moleküller keşfetmenin en iyi yolunun zamanda geri gitmek olduğuna kuşkuyla bakıyor. “Günümüzde yaşayan organizmalar için genom madenciliği ve mühendislik stratejileri için pek çok olasılık var.”